1. Таким образом, рассмотрев функциональные характеристики структур муниципалитета, мы предлагаем следующее. Применяя ту или иную форму организации труда, в каждом отдельном случае учитывайте местные особенности.
2. Таким образом, после рассмотрения функциональных характеристик структур администрации, предлагается следующее. При применении той или иной формы организации труда в каждом отдельном случае учитываются местные особенности.
Неправильное согласование деепричастного оборота было: нужен был либо субъект действия (варианты №1, где эту функцию берет либо местоимение, либо глагол 2 лица мн.ч.), либо избавляться от деепричастного оборота (варианты№ 2).
Из-за нарушения графика строителям приходится работать в очень тяжелых условиях. (Благодаря - не употребимое в данном случае слово, т.к. оно несет позитивную окраску, а речь идет о негативе).

Лексические ошибки:
Реформа ведется при сосуществовании старых и новых структур управления./Реформа ведется при одновременном существовании старых и новых структур управления. (одновременное сосуществование - плеоназм; сосуществование - существование в один промежуток времени).
Территориальные образования в недавнем прошлом игнорировались./Территориальные образования в недавнем прошлом вообще не принимались во внимание. (игнорировались и вообще не принимались во внимание - синонимы, противопоставлять их нельзя, нужно использовать либо то, либо то).
Зимой Дениску согревали воспоминания о летнем отдыхе. (Мемуары - записки современников о событиях, в которых они принимали участие; жизнеописания, а тут речь идет именно о воспоминаниях).
На предприятии использовалось прогрессивное оборудование. (В слове прогрессивное уже заложено значение "более современное, чем другие", поэтому слово более в связке с ним не употребимо).